مدفن ائمه معصومين عليهم السلام به ترتيب عبارت است از:

1- پيامبر اكرم(ص):

محل مرقد مطهر حضرت محمد(ص) داخل مسجد النبى در مدينه می باشد.

2- حضرت زهرا(س):
قبر آن حضرت به طور مشخص معلوم نيست; ولى احتمال دارد در يكى از اين سه جا باشد: 1. قبرستان بقيع. 2. خانه‌ى خود آن حضرت که هم اکنون داخل در محدوده مسجد النبى«صلى الله عليه و آله» و نزدیک به قبر پيامبر می‌باشد. 3. مسجد النبى «صلى الله عليه و آله»، بين قبر و منبر. بايد توجّه داشت كه پنهان بودن قبر آن بانوی گرامى دليل روشنى بر مظلوميّت آن حضرت و غصب خلافت از سوى خلفاى سه گانه است.

به هر حال يكى از سؤالاتى كه جوابش معلوم نيست اين سوال است: «قبر حضرت فاطمه زهرا سلام الله عليها - تنها فرزندی که پس از رحلت پیامبر برای مسلمانان به یادگار مانده بود- در كجاست؟» علت مخفى بودن قبر حضرت زهرا(س) وصيت آن حضرت است. اين وصيت فلسفه حكيمانه‏اى دارد و در واقع نوعى افشاگرى و اعلام تاريخى اعتراض فاطمه(س) بر جريان خلافت است. حضرتش با اين وصيت تاريخ را همواره با سوالى مواجه مى‏سازد كه پاسخ قاطع آن به همراهش مى‏باشد يعنى نشان مى‏دهد كه آن حضرت از وضع موجود ناراضى بوده و با توجه به آنكه پيامبر(ص) طبق نقل متواتر شيعه و سنى مكررا مى‏فرمود: «رضاى فاطمه رضاى خدا وپيامبر است و غضب او غضب آنهاست». از اين رو آن حضرت سند زنده‏اى در تاريخ مبنى بر غير اسلامى بودن آنچه رخ داد، باقى گذارد. پدر آيةالله نجفى مرعشى مدتى رياضت كشيد و به امامان توسل كرد تا محل قبر فاطمه زهرا سلام الله عليها را بشناسد. پس از توسل‏هاى زياد به او الهام شده كه تو كارى نداشته باش كه قبر حضرت فاطمه زهرا سلام الله عليها در كجاست و هر وقت خواستى فاطمه زهرا سلام الله عليها را زيارت كنى در قم حضرت فاطمه معصومه سلام الله عليها را زيارت كن. از اين داستان معلوم مى‏شود كه جواب برخى از سوالات نبايد مشخص باشد و مصلحت در مبهم ماندن آن جواب است.

3- حضرت علي (ع):

امام علی (ع) در نجف اشرف در عراق تدفین شدند.

4- امام حسن (ع):

محل دفن امام حسن (ع) قبرستان بقيع در مدينه می باشد.

5- امام حسين (ع):

حرم امام حسین (ع) در كربلاي معلا در عراق می باشد.

6- امام سجاد(ع):

امام سجاد (ع) در قبرستان بقيع در مدينه تدفین شده اند.

7- امام محمد باقر(ع):

امام محمد باقر (ع) در قبرستان بقيع در مدينه تدفین شدند.

8- امام جعفر صادق(ع)

محل دفن امام صادق (ع) قبرستان بقيع در مدينه می باشد.

9- امام موسي كاظم(ع):

امام موسی کاظم در كاظمين عراق تدفین شدند.

10- امام رضا (ع):

حرم امام رضا (ع) در طوس(مشهد كنوني) می باشد.

11- امام جواد (ع):

محل تدفین امام جواد (ع) در كاظمين عراق  می باشد.

12- امام هادي(ع):

امام هادی (ع) در سامراء عراق تدفین شدند

13- امام حسن عسگری(ع)

امام حسن عسگری در سامراء عراق تدفین شدند.